Posted by on 25 kwietnia 2018

Dane uzyskane dla wszystkich uczestników z fazy sekwencjonowania i genotypowania badania obejmowały historię medyczną i ocenę laboratoryjną czynników ryzyka sercowo-naczyniowego. Uczestnicy mieli afrykańskie pochodzenie (2836 uczestników z ARIC, 2251 z JHS i 455 z ESP-EOMI), południowoazjatyckie pochodzenie (1951 uczestników z PROMIS) lub europejskie pochodzenie (wszyscy pozostali uczestnicy).
Dla każdej kohorty badania dostępne dane kliniczne zostały użyte do określenia choroby niedokrwiennej serca. Definicje, które w związku z tym różniły się od kohorty do kohorty, podano w tabelach S1 i S2 w dodatkowym dodatku.
Sekwencjonowanie i genotypowanie
Dane sekwencji dla NPC1L1 zostały wyekstrahowane z sekwencji exome wygenerowanych w Broad Institute, Human Genome Sequencing Center w Baylor College of Medicine, lub University of Washington przy użyciu protokołów opisanych w Dodatkowym Dodatku. W skrócie, odczyty sekwencji zostały dostosowane do ludzkiego genomu referencyjnego (kompilacja HG19), a podstawowe pliki wyrównania dla zsekwencjonowanych próbek połączono w celu zidentyfikowania wariantów pozycji. Zidentyfikowano warianty pojedynczych nukleotydów (SNV) i indele, a procedury kontroli jakości zastosowano w celu usunięcia próbek odstających i wariantów odstających, jak opisano w dodatkowym dodatku.
Na potrzeby tego badania zdefiniowaliśmy dezaktywację mutacji jako jedną z następujących: SNV prowadzące do substytucji kodonu stop (mutacje nonsensowne), SNV występujące w obrębie dwóch par zasad granicy egzon-intron (mutacje w miejscu splicingu), lub Wstawienia lub delecje DNA prowadzące do zmiany w ramce odczytu i wprowadzenie przedwczesnego kodonu stop (mutacje przesunięcia ramki odczytu). Pozycje mutacji nonsens, splicingu i przesunięcia ramki zostały oparte na komplementarnej sekwencji referencyjnej DNA dla NPC1L1 (NM_013389.2) z kodonem inicjacji ATG, kodującym metioni nę, oznaczonym jako reszta lub p.Met1.
Aby uzyskać dodatkowe dane dotyczące konkretnej mutacji nonsensownej (p.Arg406X) obserwowanej z sekwencjonowania NPC1L1, genotypowaliśmy wariant miejsca w dodatkowych próbkach przy użyciu zestawu HumanExome BeadChip Kit (Illumina), zgodnie z zalecanym przez producenta protokołem [przypisy: ortopeda warszawa, fizjoterapia warszawa, rehabilitacja dzieci ]

Powiązane tematy z artykułem: fizjoterapia warszawa ortopeda warszawa rehabilitacja dzieci

Posted by on 25 kwietnia 2018

Dane uzyskane dla wszystkich uczestników z fazy sekwencjonowania i genotypowania badania obejmowały historię medyczną i ocenę laboratoryjną czynników ryzyka sercowo-naczyniowego. Uczestnicy mieli afrykańskie pochodzenie (2836 uczestników z ARIC, 2251 z JHS i 455 z ESP-EOMI), południowoazjatyckie pochodzenie (1951 uczestników z PROMIS) lub europejskie pochodzenie (wszyscy pozostali uczestnicy).
Dla każdej kohorty badania dostępne dane kliniczne zostały użyte do określenia choroby niedokrwiennej serca. Definicje, które w związku z tym różniły się od kohorty do kohorty, podano w tabelach S1 i S2 w dodatkowym dodatku.
Sekwencjonowanie i genotypowanie
Dane sekwencji dla NPC1L1 zostały wyekstrahowane z sekwencji exome wygenerowanych w Broad Institute, Human Genome Sequencing Center w Baylor College of Medicine, lub University of Washington przy użyciu protokołów opisanych w Dodatkowym Dodatku. W skrócie, odczyty sekwencji zostały dostosowane do ludzkiego genomu referencyjnego (kompilacja HG19), a podstawowe pliki wyrównania dla zsekwencjonowanych próbek połączono w celu zidentyfikowania wariantów pozycji. Zidentyfikowano warianty pojedynczych nukleotydów (SNV) i indele, a procedury kontroli jakości zastosowano w celu usunięcia próbek odstających i wariantów odstających, jak opisano w dodatkowym dodatku.
Na potrzeby tego badania zdefiniowaliśmy dezaktywację mutacji jako jedną z następujących: SNV prowadzące do substytucji kodonu stop (mutacje nonsensowne), SNV występujące w obrębie dwóch par zasad granicy egzon-intron (mutacje w miejscu splicingu), lub Wstawienia lub delecje DNA prowadzące do zmiany w ramce odczytu i wprowadzenie przedwczesnego kodonu stop (mutacje przesunięcia ramki odczytu). Pozycje mutacji nonsens, splicingu i przesunięcia ramki zostały oparte na komplementarnej sekwencji referencyjnej DNA dla NPC1L1 (NM_013389.2) z kodonem inicjacji ATG, kodującym metioni nę, oznaczonym jako reszta lub p.Met1.
Aby uzyskać dodatkowe dane dotyczące konkretnej mutacji nonsensownej (p.Arg406X) obserwowanej z sekwencjonowania NPC1L1, genotypowaliśmy wariant miejsca w dodatkowych próbkach przy użyciu zestawu HumanExome BeadChip Kit (Illumina), zgodnie z zalecanym przez producenta protokołem [przypisy: ortopeda warszawa, fizjoterapia warszawa, rehabilitacja dzieci ]

Powiązane tematy z artykułem: fizjoterapia warszawa ortopeda warszawa rehabilitacja dzieci